請問銀行這樣計算真的是正確的嗎？

上個月因為清明假期的關係
回到工作崗位上一忙 
所以信用卡遲繳了幾天
銀行人員通知的當晚  馬上轉帳
隔天我利用線上網路銀行看了一下是否已經入帳  順便對一下帳
發現他們從我當月額度內扣了1000元當滯納金
我想說算了   反正本來就是我遲繳在先
於是乎  這天收到帳單    發現他們又列了一條1000元的滯納金
問題是  上個月他們已經從我的額度扣掉1000元了
這個月又列了這條是怎樣
後來打電話到銀行詢問
他說程序都沒問題    其實只收一次的滯納金
難道....真的是我數學有問題嗎
雖然說  他願意幫我爭取減免此筆滯納金.....
但總覺得感覺不是很好